R言語のdo.callとReduceの速度を比較する

概要

行列のリストをbindして、巨大な一つの行列にすることを考える。
Rjpwiki的には、do.callでbindするらしいが、実際のところ、do.callとReduceとdoMCのどれが一番速いのか気になったので、比較してみた。

実験条件

適当な100*100の行列を100個用意して、リストに格納する。
それをbindする時間で競う。

mat.list <- list(NULL)

for(i in 1:100){
  mat.list[[i]] <- matrix(runif(100*100),nrow=100,ncol=100)
}

結果

bindに使う場合、Reduceは異様なほど遅い。
do.callとdoMCはタスクと環境次第。

ちなみにbind系なら、rbind.fill（plyrパッケージ）が最強らしい。
The rbinding race: for vs. do.call vs. rbind.fill | (R news & tutorials)

> system.time( tmp <- do.call(args=mat.list,what=cbind))
   user  system elapsed 
  0.005   0.006   0.012

> system.time( tmp <- Reduce(x=mat.list,f=cbind))
   user  system elapsed 
  0.242   0.253   0.495

library('doMC')
registerDoMC(1)

> system.time( tmp <- foreach(i = 1:100,.combine=cbind) %dopar% { mat.list[[i]]  } )
   user  system elapsed 
  0.055   0.005   0.059

ただ、Reduce本来の使い方（演算）をするならReduceの方が速いらしい。
過去の配列を保持し続けるようなことが不向きらしい？

> system.time( tmp <- do.call(args=mat.list,what=sum))
   user  system elapsed 
  0.010   0.001   0.010

> system.time( tmp <- Reduce(x=mat.list,f=sum))
   user  system elapsed 
  0.001   0.000   0.002